В какой форме организовывать обособленные подразделения (филиал, представительство или удаленное рабочее место) решать Вам. В любом случае, они не являются самостоятельными юридическими лицами, поэтому все Ваши внутренние нормативные и организационные документы распространяются на филиалы и представительства. Для филиала следует разработать положение о филиале (возможно и для представительства, если Вы предполагаете наделить его определённой самостоятельностью в принятии решений), и выдать доверенности на руководителя филиала или представительства. В соответствии с п. 3, ст. 55 ГК РФ «Представительства и филиалы должны быть указаны в учредительных документах создавшего их юридического лица», поэтому следует внести сведения о представительствах и филиалах в устав и зарегистрировать внесённые изменения в налоговом органе.
Все территориальные подразделения должны состоять на налоговом учёте по месту нахождения. НДФЛ и налог на имущество представительства и иного обособленного подразделения и налог на имущество (если есть) уплачивается в налоговую по месту их нахождения. Остальные налоги (в т. ч. страховые взносы на ФОТ) оплачиваются в налоговую по месту нахождения головного офиса. В случае, если Вы организовали филиал, то его имущество учитывается на обособленном балансе и налоги (в т.ч. на ФОТ) он оплачивает по месту своего нахождения.